西域都护府是特定历史时期的产物是基于汉朝多次大规模出兵扫平匈奴楼兰车师抵抗势力后所建立的军政机构，明朝所处的历史时期已经不同于一千多年前的汉朝。明王朝自建立起后采取与以往历代都有所不同的治理边疆的策略，它没有在边疆诸民族地区设置代表中央朝廷的都护府机构而是设立了大量的军事卫所，以单纯的军事震慑来保持边疆安全而将行政治理权交还给各部族的统治者以换取他们对明王朝的效忠。

　　明朝边疆政策的变化体现出自明太祖以来，明朝自固华夏以边疆为化外之地非我中华的一种统治思想。在我国汉魏晋唐都设置了都护府明朝“治隆唐宋远迈汉唐”为何没有像汉唐等王朝一样经营西域呢?不过不设都护府并不意味着明朝不经营西域，事实上明朝经营西域的方式很有明朝特色即设立羁糜卫所。

　　洪武五年明朝在击败河西元军后已经控制了关陇地区并在随后的建立了甘肃镇下辖关西七卫，卫所的官员基本都由当地部落各级首领担任这也是出于稳定地方的需要有点像土司制度。只有少部分卫所会由明朝正规军驻扎这跟汉朝当年的西域都护府其实区别不大，西域都护府直辖的兵力并不多多数情况下也是依靠愿意归附的西域诸国自己的兵力来镇守此地。

　　朱元璋在设立卫所时也是考虑到“惩唐世吐蕃之乱思制御之惟因其俗尚”，毕竟西域由于宗教和民俗和存在中原差异，如果由明军直接驻扎管理国力强盛时尚不会出现什么问题，但一旦中原王朝内部出现不稳因素很难增加不会像唐朝安史之乱后那样，失去对西域控制权的唐朝被吐蕃趁虚而入甚至连都城都丢了。

　　但是跟汉朝的西域都护府唐朝的安西都护府相比明朝对西域的控制力的确是有削弱的。这是因为明朝经营西域时北元以及后来的蒙古诸部依然有很强的实力，明朝将大量的国防力量用在了防御蒙古上对西域诸国主要采取经济安抚手段军事威慑力并不多。只有朱棣在位期间崇尚武力震慑史载“成祖欲远方万国无不臣服故西域之使岁岁不绝”，但永乐朝以后明朝又恢复了怀柔政策改为以政治拉拢贸易扶持为主要手段对西域的影响力自然也就不如汉唐时期了。